벤처투자조합 출자 등에 대한 소득공제 추징 세액 등

출자일(투자일)부터 3년이 지나기 전에 출자지분을 이전하거나 회수하는 경우 이미 공제받은 부분에 해당하는 세액을 추징하는 것임

[회신] 귀 질의1의 경우, 출자일(투자일)부터 3년이 지나기 전에 출자지분을 이전하거나 회수하는 경우 이미 공제받은 부분에 해당하는 세액을 추징하는 것이며, 질의2의 경우, 기존회신(서면-2025-법규소득-0381, 2025.08.29.)을 첨부하여 드리니 참고하시기 바랍니다. ○ 서면-2025-법규소득-0381, 2025.08.29. ｢조세특례제한법｣제16조제2항에 의하여 소득공제받은 세액을 추징하는 경우, ｢국세기본법｣에 규정된 가산세는 적용하지 않는 것임 1. 사실관계 ○ 질의인은 벤처투자조합 출자 후 원금을 일부 회수함 - ’23.10. 벤처투자조합 6천만원 출자 - ’24.5. ’23년 귀속 종합소득세 신고 시 6천만원에 대한 소득공제 적용 - ’25.5. ’23년 출자금 중 2.1천만원 회수(출자지분변경통지서 수취) 2. 질의내용 ○ (질의1) 벤처투자조합 출자 등에 대한 소득공제 추징사유가 발생하는 경우 추징되는 소득금액은 공제받은 전체 금액인지, 총 금액에서 추징사유에 해당하는 부분에 한정되는 것인지 ○ (질의2) 추징되는 경우 가산세 적용 여부 3. 관련법령 ○ 조세특례제한법 제16조 【벤처투자조합 출자 등에 대한 소득공제】 ① 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 출자 또는 투자를 하는 경우에는… 그 출자일 또는 투자일이 속하는 과세연도(…)의 종합소득금액에서 공제(…)한다. 다만, 타인의 출자지분이나 투자지분 또는 수익증권을 양수하는 방법으로 출자하거나 투자하는 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 벤처투자조합, 민간재간접벤처투자조합, 신기술사업투자조합 또는 전문투자조합에 출자하는 경우 2. 대통령령으로 정하는 벤처기업투자신탁(이하 이 조에서 "벤처기업투자신탁"이라 한다)의 수익증권에 투자하는 경우 3. 개인투자조합에 출자한 금액을 벤처기업 또는 이에 준하는 창업 후 3년 이내의 중소기업으로서 대통령령으로 정하는 기업(이하 이 조 및 제16조의5에서 "벤처기업등"이라 한다)에 대통령령으로 정하는 바에 따라 투자하는 경우 4. 「벤처기업육성에 관한 특별법」에 따라 벤처기업등에 투자하는 경우 5. 창업ㆍ벤처전문사모집합투자기구에 투자하는 경우 6. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제117조의10에 따라 온라인소액투자중개의 방법으로 모집하는 창업 후 7년 이내의 중소기업으로서 대통령령으로 정하는 기업의 지분증권에 투자하는 경우 ② 제1항 각 호 외의 부분 본문에 따라 소득공제를 적용받은 거주자가 출자일 또는 투자일부터 3년이 지나기 전에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 되면 그 거주자의 주소지 관할 세무서장, 원천징수의무자 또는 벤처기업투자신탁을 취급하는 금융기관은 대통령령으로 정하는 바에 따라 거주자가 이미 공제받은 소득금액에 해당하는 세액을 추징한다. 다만, 출자자 또는 투자자의 사망이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 인한 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 제1항제1호 및 제5호에 따른 출자지분 또는 투자지분을 이전하거나 회수하는 경우 2. 제1항제2호에 규정된 벤처기업투자신탁의 수익증권을 양도하거나 환매(還買, 일부환매를 포함한다)하는 경우 3. 제1항제3호, 제4호 및 제6호에 규정된 출자지분 또는 투자지분을 이전하거나 회수하는 경우 ③ 제1항에 따른 소득공제는 투자 당시에는 같은 항 제3호ㆍ제4호 또는 제6호에 따른 기업에 해당하지 아니하였으나, 투자일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 같은 항 제3호ㆍ제4호 또는 제6호에 따른 기업에 해당하게 된 경우에도 적용한다. ④ 제1항과 제2항을 적용하는 경우 공제액의 한도와 계산, 소득공제의 신청, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 조세특례제한법 시행령 제14조 【벤처투자조합 출자 등에 대한 소득공제】 ⑩ 법 제16조제2항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다. 1. 「해외이주법」에 의한 해외이주로 세대전원이 출국하는 경우 2. 천재ㆍ지변으로 재산상 중대한 손실이 발생하는 경우 3. 벤처투자조합, 신기술사업투자조합, 전문투자조합, 개인투자조합 또는 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 의한 집합투자업자가 해산하는 경우. 다만, 개인투자조합의 경우에는 벤처기업등에 대한 최초 투자일부터 1년이 지난 후 투자한 벤처기업등 전부가 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제8조의2제4항제1호 에 따른 증권시장(이하 이 항에서 "증권시장"이라 한다)에 상장되어 개인투자조합이 해당 벤처기업등에 대한 투자지분을 이전 또는 회수한 후 해산하는 경우로 한정한다. 4. 벤처기업등에 대한 최초 투자일부터 1년이 지난 후 투자한 벤처기업등 전부 또는 일부가 증권시장에 상장되어 개인투자조합이 해당 벤처기업등에 대한 투자지분을 이전하거나 회수하는 경우 4. 관련 사례 ○ 서면-2025-법규소득-0381, 2025. 08. 29. 거주자가 ｢벤처기업육성에 관한 특별법｣에 따른 벤처기업에 투자하여 근로소득 연말정산 시 ｢조세특례제한법｣제16조제1항제4호에 따른 소득공제를적용받고 투자일부터 3년이 경과하기 전에 투자지분을 이전하여 같은 조 제2항에 따라 소득공제 받은 세액상당액을 추징당하는 경우, 원천징수의무자는 해당 거주자가 당초 소득공제 받은 과세연도에서 이미 공제받은 소득금액에 해당하는 세액을 추징하여 원천징수 관할세무서장에게 납부하는 것이며, 이 경우 ｢국세기본법｣에 규정된 가산세는 적용하지 않는것입니다 ○ 서면-2024-원천-1273, 2024. 05. 03. 거주자(근로자)가 조세특례제한법 제16조 제1항 제4호 규정에 따라 ｢벤처기업육성에 관한 특별조치법｣에 따른 벤처기업에 투자한 후, 3년 이내에 해당벤처기업이 벤처기업이 아닌 기업에 인수·합병되는 경우, 같은 법 같은 조제2항에 따라 이미 공제받은 소득금액에 해당하는 세액을 추징하는 것입니다. ○ 서일46011-11158, 2003. 08. 26. 중소기업창업투자조합 출자 등에 대한 소득공제와 관련하여 무상증자받은주식을 출자일 또는 투자일로부터 5년이 경과되기 전에 처분하는 경우에는 이미 공제받은 분에 해당하는 세액을 추징하는 것임 ○ 법인46013-166, 2001. 01. 17. 벤처기업 확인후 출자한 날로부터 5년이 경과하기 전에, 당해연도 총출자금액 중 일부를 이전한 경우에도, 이전후 잔여출자금액에 소득공제 받은 출자금액보다 많은 때에는, 공제받은 세액을 추징하지 아니하는 것임. ○ 서면인터넷방문상담1팀-1591, 2005.12.23. 조세특례제한법 제16조 제1항 제4호 의 규정에 의하여 중소기업창업투자조합 출자 등에 대한 소득공제를 적용받고 출자일 또는 투자일로부터 5년이 경과하기 전에 투자지분을 이전하거나 회수하는 경우로서 같은 법 제16조 제8항에서 정하는 추징제외사유에 해당하지 않는 경우에는 당초 공제받은 분에 상당하는 세액을 추징하는 것이며, 당초 소득공제를 적용받지 아니한 출자지분이나 투지지분을 이전하거나 회수하는 경우에는 추징대상에서 제외하는 것입니다.